为了降低微生物滋生的风险，制药污水处理设备厂，与纯化水接触的设备和管道表面需要抛光减低表面粗糙度，并进行酸洗纯化处理。
表面越光滑，微生物滞留的可能性越低，但注意基于成本在合理范围内。
在水系统的管道设计和安装时，制药污水处理设备，避免死角、盲管是控制微生物含量的关键。
尽管指南文件里没有的标准，但良好的工程规范要求尽可能地减少和避免死角和盲管。
由于循环流动的水不容易导致微生物滋生。
在系统工程设计时常以流速的参数即雷诺数＞4000达到湍流状态为目的，但实际上往往要求流速≥0.915m/s。
一般流速不高于3m/s，因为流速过快会导致管道振动、自动阀门开关压力冲击过大等问题从而影响系统的稳定运行。
设备选材安装
设备选材安装 第31条设备的设计、选型、安装应符合生产要求，易于清洗、消毒或灭菌，便于生产操作和维修、保养并能防止差错和减少污染。
第32条与药品直接接触的设备表面应光滑、平整、易清洗或消毒、耐腐蚀不与药品发生化学变化或吸附药品。
设备所用的润滑剂、冷却剂等不得对药品或容器造成污染。
第33条与设备连接的主要固定管道应标明管内物料名称、流向。
第34条纯化水、水的制备、储存和分配应能防止微生物的滋生和污染。
储罐和输送管道所用材料应无毒、耐腐蚀。
预处理设备要求
为防止原水污染，预处理设备的原水水质必须达到国家饮用水水质要求，多介质过滤器及软水器要求能自动反冲、再生、排放；活性炭过滤做为有机物的集中地，除满足上述要求外，还应增加蒸汽消毒功能；考虑到紫外线的光强和时间成反比，要求有时间和光强记录仪；为保持水质稳定，混床的去离子水应循环使用；
纯化水制备的要求
纯化水一般采用蒸馏法、离子交换法、反渗透法制备形成，固不同的制备方法有不同的要求，具体如：离子交换法采用混床，应能连续再生，并具有无流量和低流量时连续流动的措施，以此保证持续循环；采用反滲透法，装置在进口处须安装3.0um的水过滤器；采用蒸馏法的，宜釆用多效蒸馏水机，其316L不锈钢材料内壁应电抛光（拋光度Ra^240目）并要有钝化处理。
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